Advanced methods for the calibration of optical tweezers

Abstract

Optiska pincetter har sedan Arthur Ashkin och hans kollegors uppfinning på 1980-talet möjliggjort noggrann manipulation av mikroskopiska partiklar. Denna teknik har haft betydande inverkan inom flera områden, inklusive biologi, fysik, nanoteknik, spektroskopi, mjuka material och nanotermodynamik. För att utföra experiment som kräver exakta mätningar av krafter med optiska pincetter måste pincetterna kalibreras, vilket innebär att deras styvhet måste bestämmas. I denna avhandling presenterar jag resultaten av min kalibrering av optiska pincetter med hjälp av probabilistiska metoder. Målet med dessa metoder är att effektivt använda tillgänglig data och samtidigt uppskatta fel som kan vara förknippade med kalibreringen. Detta är särskilt viktigt när det finns begränsad data, vilket är vanligt förekommande i system som är ur jämvikt, har låga signal-brus-förhållanden och där förutsättningarna ändras snabbt över tid.

Denna avhandling är uppdelad i två huvudproblem. Det första problemet jag stötte på var bristen på en generisk metod för att mäta kraftfält i utsträckta, icke-konservativa och instabila jämviktspunkter. För att lösa detta problem använde jag bayesiansk inferens i form av en maximum likelihood-estimator. Denna metod gjorde det möjligt för mig att karakterisera kraftfältet även under förhållanden som tidigare var svåra att hantera. Metoden, som kallas FORMA, visade sig vara mer exakt, noggrann, snabbare och mindre datorkrävande än de tidigare konventionella metoderna, såsom equipartition, MSD, ACF och PSF. Utöver detta, möjliggjordes karakteriseringen av de kraftfält genererade av både Laguerre-Gaussiska strålar med olika orbital/spin-impuls, en dubbelbrunnspotential samt ett specklemönster. Det andra problemet jag tacklade var fel i uppskattningarna på grund av begränsad bandbredd och ändlig integrationstid. För detta ändamål utvecklade vi en gemensam sannolikhetsdensitetsfunktion för att observera partikeln vid olika positioner och tider. Vi härledde generella formler för kalibreringsmetoderna, vilka framgångsrikt korrigerar överestimeringen av styvheten och underestimeringen av diffusionskoefficienten som orsakas av ändlig integrationstid. Dessa formler tar även hänsyn till begränsad samplingsfrekvens och längden på partikelns bana.

Sammanfattningsvis visar denna avhandling på möjligheten att använda en probabilistisk och inferensbaserad metod för att härleda de parametrar som karakteriserar Langevin-ekvationen för en partikels rörelse från en tidssekvens av dess position. Lösningen på detta problem har breda tillämpningar, inte bara inom kalibrering av optiska pincetter, utan också inom områden som mikroreologi, beteende hos enskilda molekyler inuti celler och djurmigration.

Description

Keywords

optiska pincetter, kalibrera, probabilistiska metoder, bayesiansk inferens, styvhet, diffusionskoefficient

Citation

ISBN

Articles

High-performance reconstruction of microscopic force fields from Brownian trajectories. Laura Pérez García, Jaime Donlucas Pérez, Giorgio Volpe, Alejandro V. Arzola and Giovanni Volpe. Nature Communications 9, 5166 (2018). https://doi.org/10.1038/s41467-018-07437-x

Optical tweezers — from calibration to applications: a tutorial. Jan Gieseler, Juan Ruben Gomez-Solano, Alessandro Magazzù, Isaac Pérez Castillo, Laura Pérez García, Marta Gironella- Torrent, Xavier Viader-Godoy, Felix Ritort, Giuseppe Pesce, Alejandro V. Arzola, Karen Volke- Sepúlveda, and Giovanni Volpe. Adv. Opt. Photon.,13(1):74–241, Mar 2021. https://doi.org/10.1364/AOP.394888

Optimal calibration of optical tweezers with arbitrary integration time and sampling frequencies – A general framework. Laura Pérez García, Martin Selin, Antonio Ciarlo, Alessandro Magazzù, Giuseppe Pesce, Antonio Sasso, Giovanni Volpe, Isaac Pérez Castillo and Alejandro V. Arzola arXiv preprint arXiv:2305.07245 submitted May 2023. Optimal calibration of optical tweezers with arbitrary integration time and sampling frequencies – A general framework. Laura Pérez García, Martin Selin, Antonio Ciarlo, Alessandro Magazzù, Giuseppe Pesce, Antonio Sasso, Giovanni Volpe, Isaac Pérez Castillo and Alejandro V. Arzola arXiv preprint arXiv:2305.07245 submitted May 2023

Department

Department of Physics ; Institutionen för fysik

Defence location

torsdagen den 12 Oktober 2023, kl. 13:15, Faraday Salen, Institutionen för fysik, Origovägen 6b Göteborg.

Endorsement

Review

Supplemented By

Referenced By