Spårning av nanopartiklar med iSCAT och maskininlärning
Nanoparticle tracking with iSCAT and machine learning
Abstract
Denna studie undersöker spårning av partiklar i storlek 100 nm från iSCAT-mikroskopi i två och tre dimensioner med maskininlärnings- och algoritm-baserade spårningsmetoder. Arbetet jämför noggrannheten av förutsägelser av partikelpositioner i två dimensioner mellan LodeSTAR-metoden och Radial Variance Transform algoritmen (RVT), hur dessa förutsägelser påverkar skapandet av partikelbanor med MAGIK och hur partiklarnas diffusivitet beror på den valda detektionsmetoden. För att möjliggöra förutsägelser i djupled anpassades den tredimensionella LodeSTAR-modellen för att tränas på syntetiserade bilder av partiklar på olika djup. Noggrannheten av LodeSTAR-metoden i tre dimensioner utvärderades genom att jämföra diffusivitet hos förutsagda partikelbanor från experimentell data med deras teoretiska värden, samt genom analys av banor och deras kovarianser i djupled. Resultaten för den tvådimensionella LodeSTAR-modellen visar att RVT, utifrån kovariansanalys, ger fler detektioner som resulterar i Brownsk rörelse för partiklarna, men att LodeSTAR presterar bättre i antal korrekt förutsagda partiklar och spårning över längre tidsförlopp. Däremot ger båda detektionsformer sämre resultat när partiklarna varierar avsevärt i form och storlek. Vidare tyder jämförelser av diffusivitet, kovarians och partikelbanor för tredimensionell detektion på att LodeSTAR-metoden extraherar information om partikeldjup, men att detektionerna saknar noggrannhet. Det föreslås att förbättring av den syntetiserade datan för att närmare efterlikna partiklar i djupare brunnar skulle ge mer precisa resultat. Sammanfattningsvis visar LodeSTAR-metoden lovande framtida potential för att spåra partiklar i tre dimensioner från iSCAT-bilder
Degree
Student essay
Other description
This study explores the tracking of particles of size 100 nm from iSCAT microscopy in two and three dimensions with machine learning and algorithm-based tracking methods. The study compares the accuracy of particle position predictions in two dimensions between the LodeSTAR method and the Radial Variance Transform algorithm (RVT), how these predictions influence the creation of particle trajectories with MAGIK, and how the diffusivities of particles depend on the chosen detection method. Furthermore, the three-dimensional LodeSTAR method is modified to train on synthesized images of particles in varying depths in order to gain vertical prediction capabilites. The accuracy of the LodeSTAR method in three dimensions is evaluated by comparing the diffusivity of predicted particle trajectories from experimental data with their theoretical values, as well as through the analysis of trajectories and their covariances in the vertical dimension. The results for the two-dimensional LodeSTAR model indicate that RVT – based on covariance analysis – yields detections that indicate Brownian motion of the particles, but LodeSTAR performs better in terms of the number of correctly predicted particles and tracking trajectories over longer time periods. Furthermore, comparisons of diffusivity, covariance and particle tracings for three-dimensional detections suggest that the Lode-STAR method extracts information about particle depth, but that the detections lack accuracy. It is suggested that improving the synthesized data to better capture the particle shape in a greater depth range would yield more accurate results. In summary, the LodeSTAR method shows promising future potential for tracking particles in three dimensions from iSCAT microscopy footage.
Collections
View/ Open
Date
2024-06-17Author
Ahlskog, Malte
Albers, Oskar
Andersson, Karl Junior
Berger, Adam
Jamal, Aram
Muriqi, Kelmend
Keywords
iSCAT, LodeSTAR, MAGIK, djupinlärning, partikelspårning
Language
swe